2 005年,軟件與微電子學院開始邁出了科研的步伐,學院與北京大學軟件研究所合作建立了軟件發展戰略研究室,與北京大學微電子研究院合作建立了微電子發展戰略研究室,與ACOM株式會社合作建立了金融信息化研究中心,還建立了數字化技術研究室、信息系統研究室、信息安全研究室、軟硬件協同設計實驗室、數字藝術工作室等,學院逐漸從單純教學的領域走向教學科研相結合的領域。

??????2005年,教育部批準在學院成立“北京大學國家Linux技術培訓與推廣中心”,在學院的牽頭下,與國內39所大學合作,共同承擔了國家十五攻關計劃“國家Linux技術培訓與推廣中心示范”與“國產基礎軟件技術培訓系統研制與課程開發”兩大課題。

?????? 學院開展的科研項目還包括:“基于SOA的過程管理系統”(IBM中國研究中心)、Linux on Power Program(IBM中國研究中心)、計算機游戲設計研究與課程開發(微軟亞洲研究院)、面向家庭網絡的數字版權保護技術(聯想研究院)、基于雙核結構的數字家庭媒體中心(Intel公司)等。

??????探索多途徑合作辦學的管理體制與運行機制是北京大學軟件與微電子學院辦學模式的重要任務之一。為開展國際合作與交流,學院設立了國際顧問委員會,聘請享有世界聲譽的國際著名IT專家、學者出任國際顧問,拓展國際合作與交流的渠道。同時學院專門設立國際國內合作辦公室,與國際著名大學、國內外知名企業積極開展全方位、多層次的合作,以實現優勢互補、加快軟件與微電子學院與國際接軌的步伐。一年多來,學院在合作辦學方面已取得了實質性的重要進展。